Территория Тигирекского заповедника находится в южной части Алтайского края, расположенного в умеренном климатическом поясе. Господствующий горный рельеф территории определяет климат и общие закономерности вертикального распространения основных типов почв, растительности. Характер атмосферных процессов определяется открытостью территории к Северному Ледовитому океану, районам Средней Азии и Казахстана, что обуславливает проникновение как холодных арктических масс, так и теплых тропических.